いじめられっ子の女子高生ミアは気弱な性格で、父親グラントの再婚相手の娘サーシャとの関係もぎくしゃくしていた。マヤ文明の遺跡を研究する考古学者のグラントは、2人の距離を縮めるため、週末に自身の研究場所近くで行われる、船中からサメを鑑賞する観光ツアーへの参加を姉妹に提案する。親友のアレクサとニコールとの先約があったサーシャだったが、ツアーへの参加を渋々受け入れる。
迎えた当日、グラントに連れられてツアー会場にやって来た姉妹は、グラントが研究場所に向かった直後に現れたアレクサとニコールから、もっとスリリングな遊びをしないかと誘われる。それはマヤ文明の遺跡が眠る海底洞窟に潜るケーブダイビング。通常のダイビングよりも遥かに危険なアクティビティだ。姉妹はダイビング初級だったが、その魅力的な誘いに乗り、不十分な装備のまま、海に潜るのだった。グラントの助手のベンと一緒に一度訪れたことがあるというアレクサのガイドにより、4人は海底洞窟の入り口に到着する。そこに広がるのは神秘的なマヤ文明都市の遺跡。目を奪われ、はしゃぐ４人だったが、ニコールが遺跡の石柱を倒してしまい、その衝撃で舞う泥に視界を遮られ、パニックになる4人。だが、偶然そこで作業をしていたベンに遭遇する。
未知の海底洞窟で大人と会い、安心したのも束の間、突如として巨大なホオジロザメが現れ、ベンを食い殺してしまう。そのサメは暗い海底で進化し、視力を失うかわりに異常な聴覚を得たようだ。物音を立てずに必死で逃げようとするが、遺跡は複雑な迷路のような構造で出口が見つけられない。さらに、襲い来る海底の主から逃れようとするうち、地上と繋がっていた命綱も切れてしまう。助けを呼ぼうにも、石柱に遮られて無線は通い。ボンベの中の酸素も残り僅かとなる中、脱出する唯一の道は激しく渦巻く潮流を超えた先。絶望だらけのこの状況下から、彼女たちが生還する術はあるのだろうか―？